On progresse de notre côté, le problème semble être "juste" un problème de permissions sur le poste sur lequel est lancée la console. En effet, nous utilisons la console sur des postes de management où nous nous connectons en tant qu'administrateur. La console ne fonctionne qu'en partie en tant que simple utilisateur avec UAC. Par exemple, les accès à C:\wapt\cache sont refusés, or ce répertoire est utilisé pour l'édition des paquets machine.
Un moyen de contournement semble donc être d'utiliser la console WAPT en tant qu'administrateur. Vu que nous utilisons des machines dédiées à cet office, cela ne nous pose pas de cas de conscience, mais effectivement cela n'est peut-être pas adéquat pour tous.
Merci beaucoup pour tous les retours que vous vous avez fourni jusqu'ici (et tout particulièrement à Claude) afin de résoudre ce problème.